硅藻土的主要礦物成分為蛋白石，并含有粘土（高嶺石類、水分母類及少量膠嶺石類）、炭質(zhì)（有機質(zhì)）、鐵質(zhì)（褐鐵礦、赤鐵礦、黃鐵礦）、碳酸鹽礦物（方解石、白云石、少量菱鐵礦）、石英、白云母、海綠石、長石。
1、蛋白石 Si02nH20
2、粘土礦物、炭質(zhì)
粘土礦物及炭質(zhì)是硅藻土中主要伴生礦物。粘土礦物呈顯微鱗片狀分布于硅藻粒四周，當粘土礦物含量為主要成分時，則起著膠結硅藻的作用。炭質(zhì)成質(zhì)點狀、塊狀或成層狀與硅藻土共生，炭質(zhì)均為變質(zhì)程度很低的、仍保留植物結構的泥炭及褐煤。
